原文的完整句是這樣的：

What they had in fact found was a ship which had been sunk many years before.

正如你所分析一樣，had been sunk的確為被動語態，表示的也的確是動作而非狀態，它的本意也就是“被沉沒”“被弄沉”，如果照此直譯，的確感覺特不爽，但問題是我們完全可以轉換一下表達，將它譯成：……多年前沉沒的船。全句可譯為：事實上，他們發現的是一艘沉沒多年的船。