我好像沒看出這里有什么問題啊！文中“注”說的“當主句為‘It + be + 一段時間’時，則通常用一般現在時代替現在完成時”，指的是主句用一般現在時代替現在完成時，而不是從句用一般現在時代替現在完成時。即：

It is [=has been] more than three years now since I saw her last. 我們已有三年多沒見面了。